Dobrá příprava před daňovou kontrolou dokáže výrazně ovlivnit její průběh i výsledek. Mít v pořádku dokumentaci, účetnictví a komunikační plán znamená být o krok napřed. Zjistěte, co si připravit ještě před příchodem finančního úřadu, abyste kontrolu zvládli klidně, profesionálně a bez zbytečných komplikací.
Co je daňová kontrola?
Daňová kontrola je postup správce daně, jehož cílem je prověřit daňové povinnosti poplatníka a další skutečnosti, které mají vliv na správné stanovení daně. Vždy se vztahuje k jedné dani a vymezenému období.

Odlišný je postup k odstranění pochybností – typicky kratší, cílený na konkrétní nejasnost (např. údaj v přiznání), často ještě před vyměřením daně.
Kdy na vás může přijít kontrola finančního úřadu?
Správce daně využívá analytiku a cílený výběr. Typické spouštěče:
Dlouhodobá ztráta: podnik opakovaně vykazuje ztrátu, ale zjevně funguje → podezření na skrytý zdroj financování.
Nadměrné odpočty DPH: zejména bez odpovídajících plnění na výstupu; kontrola může navázat na kontrolní hlášení.
Podnět/udání: anonymní podání nebo podnět jiné instituce (např. ČSSZ).
Namátkové prověření: statisticky častěji firmy se zaměstnanci, specifická odvětví apod.

Nadměrné odpočty nemusí být podezřelé, pokud plynnou z povahy činnosti (např. subdodávky ve stavebnictví, export do EU/třetích zemí, přenesená daňová povinnost). Důležité je přiměřené zdůvodnění a dokumentace.
Jak probíhá kontrola z finančního úřadu?
Obvykle jste informováni předem (datová schránka, dopis, telefon). Faktické prověřování ale může začít ještě před formálním zahájením (vyhledávací činnost).
Během kontroly platí jednoduché pravidlo: slušnost, věcnost, přiměřenost. Odpovídejte pouze na dotazy, předkládejte jen požadované podklady. Vhodné je zastoupení daňovým poradcem.
Co správce daně typicky vyžaduje:
vydané/přijaté faktury, účetní knihy, bankovní výpisy, smlouvy, majetkové karty, doklady k DPH, interní směrnice, objednávky, korespondenci;
vymezeno k prověřovanému období (standardně poslední 3 roky, s možností prodloužení lhůt dle zákona).
Jaké máte během kontroly povinnosti?
Zajistit místo pro kontrolu (u vás nebo na FÚ).
Předložit požadované dokumenty vztahující se k věci.
Součinnost – pravdivé a úplné odpovědi v rozsahu výzev.
Jakmile je zpochybněna určitá skutečnost (např. nárok na odpočet), důkazní břemeno je zpravidla na vaší straně.

Jaká máte během kontroly práva?
Navrhovat důkazy ve svůj prospěch (svědci, znalecké posudky, doplnění vyjádření).
Nahlížet do spisu (veřejná část), sledovat postup a přiměřenost lhůt.
Vznášet výhrady k průběhu, podávat stížnost na postup správce daně.
V navazujících fázích možnost odvolání a další opravné prostředky.

Kdy a jak daňová kontrola končí?
Kontrola končí dnem doručení Oznámení o ukončení daňové kontroly s výsledkem. Délka se liší podle rozsahu, množství důkazů a kapacit úřadu; obvyklé jsou jednotky měsíců.
Co si připravit před zahájením daňové kontroly
Příprava před příchodem finančního úřadu rozhoduje o tom, jak hladce a rychle kontrola proběhne. Dobře zorganizované účetnictví a připravené dokumenty vám umožní působit profesionálně, reagovat věcně a minimalizovat stres i riziko nedorozumění.
1. Kompletní účetní dokumentace
Základním kamenem úspěchu je mít k dispozici všechny relevantní účetní doklady za kontrolované období:
Faktury přijaté a vydané, účtenky, pokladní doklady, bankovní výpisy.
Účetní knihy, hlavní knihu, deník, pokladní knihu – v aktuální a přehledné podobě.
Inventurní soupisy majetku a zásob, přehledy pohledávek a závazků.
Přiznání k DPH, k dani z příjmů, silniční dani, zálohám apod.
Evidenci DPH – kontrolní hlášení, přehled nadměrných odpočtů, souhrnné hlášení.

Vytvořte pro každé období (např. kalendářní rok) samostatnou digitální složku, kde budou všechny dokumenty systematicky seřazeny podle typu a data.
2. Smlouvy a související doklady
Kontrola se často zaměřuje na vazbu mezi účetním dokladem a právním podkladem transakce.
Připravte:
Kupní, dodavatelské, leasingové, servisní a nájemní smlouvy.
Objednávky, dodací listy, protokoly o předání a převzetí zboží nebo služeb.
Korespondenci s dodavateli nebo odběrateli, která dokládá průběh plnění.
Doklady k marketingovým či poradenským službám, které bývají často zpochybňované.
3. Bankovní výpisy a platební přehledy
Správce daně často porovnává tok peněz s vystavenými doklady.
Mějte k dispozici všechny bankovní výpisy z kontrolovaného období.
Připravte si přehled spárování plateb s fakturami.
U hotovostních plateb přiložte pokladní doklady a účtenky.

U všech neobvyklých transakcí (např. vyšší jednorázové platby, půjčky, zálohy) mějte připravené vysvětlení a podkladový dokument (smlouvu, převodní příkaz, e-mail).
4. Komunikační strategie
Určete jednu osobu, která bude s úředníky komunikovat.
Domluvte si způsob komunikace – ideálně písemně nebo datovou schránkou.
Vždy si uchovávejte kopie všech podání a odpovědí.
Každé setkání či telefon zaznamenejte do interního deníku kontroly.
5. Mentální příprava
Počítejte s tím, že kontrola je proces, nikoliv soud.
Přistupujte ke kontrolorům jako k partnerům, ne jako k nepřátelům.
Nenechte se zaskočit – většina kontrol probíhá věcně a profesionálně.
Včasné vysvětlení a doložení údajů šetří čas i nervy.
Závěr:
Pečlivá příprava na daňovou kontrolu není jen otázkou povinnosti, ale i prevence. Uspořádané účetnictví, přehledná evidence a rozumný přístup k úředníkům vám ušetří čas, stres i peníze. Přistupujte ke kontrole s klidem a s vědomím, že máte všechny potřebné podklady po ruce – to je nejlepší strategie, jak projít kontrolou bez doměrků a sankcí.


