E-fakturace: co to je, jak funguje a kdy je povinná

Sdílet na:
E-fakturace: co to je, jak funguje a kdy je povinná
Faktura v PDF poslaná e-mailem ještě není e-fakturace. Skutečná e-faktura je datový soubor, který si účetní program načte sám, bez přepisování. Vysvětlíme, jak e-fakturace funguje, jaké formáty používá a co pro ni platí podle českých předpisů.

Co je e-fakturace

E-fakturace (elektronická fakturace) je vystavení, předání a přijetí faktury ve strukturovaném elektronickém formátu, který umožňuje její automatické zpracování na straně odběratele. Takto ji vymezuje evropská směrnice o elektronické fakturaci i Ministerstvo financí ČR.

Klíčové slovo je strukturovaný. Údaje z faktury – dodavatel, odběratel, položky, sazby DPH, částky – jsou v souboru uloženy jako samostatná datová pole, ne jako obraz textu. Počítač je proto umí přečíst a zpracovat bez lidského zásahu.

Většina podnikatelů dnes posílá faktury v PDF, které zákon uznává jako daňový doklad. Z pohledu e-fakturace jde ale jen o elektronickou podobu papíru.

PDF není e-faktura

  • PDF v příloze e-mailu je daňový doklad v elektronické podobě a při kontrole plně obstojí.

  • Není to však e-faktura podle evropské normy: údaje z ní musí někdo přečíst a přepsat, nebo nechat vytěžit.

  • E-faktura je datový soubor (typicky XML), ze kterého si program hodnoty načte sám.

Jak e-fakturace funguje

Postup je stejný jako u papírové faktury, jen bez ručního přepisování:

  1. Dodavatel vystaví fakturu ve fakturačním nebo účetním programu.

  2. Program ji uloží jako strukturovaný soubor (například ISDOC nebo XML podle normy EN 16931).

  3. Soubor se předá odběrateli – e-mailem, datovou schránkou, přes API nebo síť pro výměnu e-faktur.

  4. Program odběratele soubor načte, zkontroluje údaje a založí přijatou fakturu.

  5. Obě strany doklad archivují elektronicky.

Výsledkem je méně chyb, rychlejší zaúčtování a obvykle i rychlejší platba.

Formáty e-faktur používané v Česku

  • ISDOC / ISDOCX – český národní formát, který podporuje většina tuzemských účetních programů. Státní správa přijímá verzi 5.2 a vyšší.

  • UBL 2.1 a UN/CEFACT CII – dvě syntaxe evropské normy EN 16931, které se používají při fakturaci veřejným institucím a v obchodu v rámci EU.

Před prvním odesláním si vždy ověřte, jaký formát odběratel umí přijmout.

Co vyžaduje zákon

Zákon o DPH staví elektronický a papírový daňový doklad na roveň. Pro elektronickou podobu platí tři podmínky:

  • Souhlas odběratele. S elektronickou fakturou musí odběratel souhlasit. Stačí i tichý souhlas – například to, že fakturu zaúčtuje.

  • Věrohodnost původu, neporušenost obsahu a čitelnost. Od vystavení až do konce archivace musí být zřejmé, kdo doklad vystavil a že nebyl změněn. Zajistí to auditní stopa (smlouva, objednávka, doklad o platbě), uznávaný elektronický podpis či pečeť, nebo výměna dat přes EDI.

  • Archivace 10 let od konce zdaňovacího období, ve kterém se plnění uskutečnilo – spolu s daty, která věrohodnost a neporušenost prokazují. Podrobné lhůty pro archivaci dokladů se liší podle typu dokumentu.

Náležitosti se nemění

E-faktura musí obsahovat stejné povinné údaje jako papírový daňový doklad. Formát mění jen způsob zápisu, ne obsah.

Kdy je e-fakturace povinná

Plošná povinnost e-fakturace mezi podnikateli v Česku zatím zavedena není. Se strukturovanou e-fakturou se ale setkáte ve dvou situacích:

  • Faktury pro stát a veřejné zadavatele. Veřejní zadavatelé musí e-faktury podle normy EN 16931 přijímat a zpracovat – zadavatelé v kategorii Česká republika a ČNB od 1. 4. 2019, ostatní zadavatelé od 1. 4. 2020. Ústřední orgány státní správy navíc přijímají formát ISDOC. Dodavatel tedy e-fakturu poslat může a úřad ji nesmí odmítnout kvůli formě.

  • Obchod v rámci EU od 1. 7. 2030. Evropská reforma ViDA zavede povinnou strukturovanou e-fakturu pro dodání zboží a služeb plátcům DPH v jiných členských státech.

Box illustration

Co vás čeká v příštích letech

EET 2.0 od roku 2027, povinná e-faktura pro obchod v EU od roku 2030 – a co z toho platí pro tuzemské faktury? Shrnuli jsme to v článku Budoucnost fakturace: povinná e-faktura, ViDA a EET 2.0.

Výhody a rizika e-fakturace

Výhody:

  • odpadá přepisování údajů, a tím i většina chyb,

  • faktura se zaúčtuje během minut, ne dnů,

  • levná archivace a rychlé dohledání dokladu,

  • jednodušší kontrola – auditní stopa vzniká automaticky.

Na co si dát pozor:

  • kompatibilita formátů – ISDOC a EN 16931 nejsou totéž,

  • správnost kmenových údajů – automatické kontroly porovnávají IČO, DIČ a adresy a chybný doklad odmítnou,

  • věrohodnost a neporušenost musíte prokázat po celou dobu archivace, ne jen při odeslání.


FAQ:

Je PDF faktura e-faktura?

Ne. PDF je platný daňový doklad v elektronické podobě, ale není strukturovaný – údaje z něj nelze automaticky načíst. E-faktura je datový soubor, typicky ve formátu ISDOC nebo XML podle normy EN 16931.

Je e-fakturace v Česku povinná?

Mezi podnikateli zatím ne. Veřejní zadavatelé musí e-faktury podle normy EN 16931 přijímat. Od 1. 7. 2030 bude strukturovaná e-faktura povinná pro dodání plátcům DPH v jiných státech EU.

Potřebuji k e-faktuře elektronický podpis?

Není povinný. Věrohodnost původu a neporušenost obsahu lze prokázat i auditní stopou, tedy smlouvou, objednávkou a dokladem o platbě. Podpis nebo pečeť prokazování usnadní.

Jaký formát e-faktury mám použít?

Pro tuzemské odběratele je nejrozšířenější ISDOC. Pro veřejné instituce a obchod v EU použijte formát podle normy EN 16931 (UBL 2.1 nebo UN/CEFACT CII). Vždy se řiďte tím, co odběratel umí přijmout.

Jak dlouho musím e-faktury uchovávat?

Daňové doklady se uchovávají 10 let od konce zdaňovacího období, ve kterém se plnění uskutečnilo, včetně dat prokazujících jejich věrohodnost a neporušenost.

Související články

Budoucnost fakturace: povinná e-faktura, ViDA a EET 2.0
11. 10. 2026

Od ledna 2027 se vrací evidence tržeb a od července 2030 bude strukturovaná e-faktura povinná pro obchod s firmami v jiných státech EU. Co z toho platí pro české podnikatele, co zatím ne a jak se včas připravit?

Faktura pro ukrajinské podnikatele v ČR: náležitosti a tipy
7. 10. 2026

Podnikáte v Česku na základě dočasné ochrany nebo jiného pobytu a vystavujete první faktury? Pravidla jsou stejná jako pro české OSVČ, ale pár věcí se liší — DIČ bez rodného čísla, platnost živnostenského oprávnění nebo fakturace klientům na Ukrajině. Přinášíme přehled toho, co si pohlídat.

Nabídka v podnikání a kdy vás právně váže
2. 10. 2026

Pošlete klientovi cenovou nabídku a on odpoví: „Beru, ale s jinou cenou." Co teď vlastně platí? Nabídka je návrh na uzavření smlouvy — jakmile ji druhá strana přijme, vzniká smlouva a uvedené ceny vás vážou. Odpověď se změnami je přitom ze zákona nová nabídka, ne přijetí.

Faktury v PDF: kdy platí jako daňový doklad
2. 10. 2026

Posíláte faktury v PDF e-mailem a nejste si jistí, jestli obstojí při daňové kontrole? PDF faktura je plnohodnotný daňový doklad, zákon ji staví na roveň papírové. Rozhodují tři věci: souhlas odběratele, povinné náležitosti a správná archivace.