Daňová kontrola představuje klíčový nástroj správce daně pro ověření správnosti daňových povinností poplatníků. V článku se dozvíte, jaký je její průběh, jaká máte práva a povinnosti a co může následovat po jejím ukončení.
Účel a význam daňové kontroly
Daňová kontrola je nástrojem správy daní, jehož cílem je ověřit správnost, úplnost a pravdivost údajů uváděných daňovými subjekty v daňových přiznáních, hlášeních a dalších podáních. Provádí ji příslušný správce daně, zpravidla finanční úřad, a to buď v sídle daňového subjektu, nebo v prostorách správce daně. Provádění daňové kontroly se řídí zákonem č. 280/2009 Sb., daňový řád.

Daňová kontrola se může týkat fyzických i právnických osob. Nejčastěji je zahajována u subjektů s podezřelými transakcemi, výraznými odchylkami v účetnictví nebo na základě podnětů zvenčí (např. od jiných orgánů nebo bývalých zaměstnanců).
Příprava na daňovou kontrolu
Dle § 86 daňového řádu mezi povinnosti podnikatele při zahájení kontroly patří:
zajištění vhodného místa a podmínek k provádění daňové kontroly,
poskytnutí informací – o vlastní organizační struktuře, o pracovní náplni jednotlivých útvarů, o oprávněních vašich zaměstnanců nebo jiných osob a o uložení účetních záznamů,
předložení důkazních prostředků,
umožnit jednání s kterýmkoliv vašim zaměstnancem nebo jinou osobou, která vykonává jeho činnost,
nezatajovat důkazní prostředky.
Průběh daňové kontroly krok za krokem
1. Oznámení o zahájení
Daňová kontrola je zahájena doručením oznámení o zahájení kontroly. Může mít podobu osobního předání, doručení do datové schránky nebo doporučeného dopisu.
2. Zahájení a vedení kontroly
Správce daně si vyžádá příslušné účetní doklady, evidence nebo smlouvy. V průběhu kontroly mohou být prováděny výslechy, místní šetření a porovnávání údajů. Subjekt má právo být přítomen u všech úkonů.

Dobrá komunikace a spolupráce se správcem daně výrazně snižují riziko doměrků a sankcí.
3. Ukončení kontroly
Po provedení všech úkonů správce daně vyhotoví návrh protokolu, se kterým se daňový subjekt může seznámit a do 15 dnů se k němu vyjádřit. Po uplynutí této lhůty vydá správce daně protokol o kontrole, který je závazným dokumentem.
Podnikatel má možnost:
podat námitky proti protokolu,
v případě neshody vést odvolací řízení,
přiznat a uhradit případný nedoplatek daně bez dalšího sporu.

Práva a povinnosti daňového subjektu
Daňový subjekt má právo:
být přítomen u všech úkonů
nahlížet do spisu
navrhovat důkazy
podat vyjádření k návrhu protokolu
Má také povinnost:
umožnit přístup ke všem požadovaným dokumentům
poskytovat součinnost
zajistit přítomnost odpovědných osob

Udržujte přehledné a aktuální účetnictví a archivujte dokumenty alespoň po dobu 10 let. Urychlíte tím průběh kontroly.
Důkazní břemeno
Důkazní břemeno při daňové kontrole nese primárně podnikatel – musí být schopen doložit všechna svá tvrzení uvedená v daňovém přiznání prostřednictvím důkazních prostředků, jako jsou účetní doklady, smlouvy, znalecké posudky nebo výslechy svědků. Správce daně však také nese důkazní břemeno, pokud zpochybňuje správnost údajů – musí konkrétně prokázat, v čem spočívají pochybení, a to často na základě informací poskytnutých podnikatelem během kontroly.
Závěr
Daňová kontrola je standardním nástrojem finanční správy k ověření daňových povinností podnikatelů. Odpovědný přístup, dobrá příprava a spolupráce s úřady výrazně snižují rizika sankcí. Podnikatelé by měli své účetnictví udržovat v pořádku průběžně – nejen při hrozbě kontroly.